- 建廟：明永曆15年
- 地址：台南市中西區開山路122巷1號
- 聯絡方式：(06)228-8150
馬公廟舊稱為「馬王廟」，是昔日府城「七寺八廟 」之一，主祀輔順將軍（俗稱馬公爺），分香自漳州馬公廟。廟中咸豐6年（1856）的重修碑記載，此廟創建年代應在明永曆年間（明鄭時期）。據《雅堂文集》載 ：「馬公廟在東安坊，永曆時，延平郡王經建，祀天駟之神，或曰伏波將軍，以伏波有平南之勳，故祀之。」不過據說當年隨奉來臺的開基金身則是西元1148年雕刻，距今已有850年歷史。而說馬公廟祀「天駟之神」，可能也是認為臺南馬公廟所祭祀者為水草馬明王的來源之一。伏波將軍為東漢馬援的稱號，也可能為輔順將軍為馬援的傳說來源之一。又《重修臺灣縣志》中說馬王廟：「在東安坊〈按周官春祭馬祖，天駟星也；夏祭先牧始養馬者；秋祭馬社始乘馬者；冬祭馬步，乃神之災害馬者．隋用周制，祭以四仲之月．唐宋因之．明洪武二年，定春秋二仲月甲戊庚日，遣官致祭．五年，並諸神為一壇，歲止春祭．國朝因之〉」 此記載亦是認為馬公廟所祭祀者為水草馬明王的根據。
現今通認馬公廟所祀為唐朝隨「開漳聖王」陳元光來臺之馬仁，但也有另一個特殊說法，認為所祀神明為明鄭時期之將軍「馬信」。
馬信，字子玉，陜西西安人 ，清朝時戌守臺州〈今浙江省臨海縣〉擔任總兵，於鄭成功誓師北伐時投靠鄭氏陣營，後擔負提督親軍驍騎鎮重任。永曆15年〈1661〉農曆4月1日鄭成功率領軍隊25,000人，船隊400艘，鄭成功坐在第8艘負責統籌指揮，而擔任第一艘前鋒戰艦指揮登陸作戰的就是馬信將軍。來臺後始終跟在鄭成功旁邊佐政，永曆16年〈1662〉農曆5月8日鄭成功病歿於王城時，第一時間得知消息的即為其弟鄭世襲、黃安和馬信，馬信令人取紅緞替鄭成功覆蓋，鄭成功死後7天，5月13日馬信也因哀傷過度而與世長辭 ，馬信率領的部將很多來自漳州，深怕清朝據臺會對馬信相關遺跡加以破壞，就將仿自原鄉漳州府岳口馬公廟建立的臺南漳州人信仰廟「馬王廟」改為「馬公廟」，假借馬仁之名來暗祭「馬信」。
馬公廟位現今於臺南市孔廟文化園區，廟內楹聯「公爺威武顯赫護崁城」稱頌開臺聖王鄭成功的部將馬信的事蹟，而廟誌寫的「霞漳神策建奇功」又是開漳聖王陳元光殿前大將馬仁的豐功偉業，便是明拜「馬仁」暗祭「馬信」的隱喻 。這種說法極少數，但在舍人公信仰傳說紛紜下，亦為一可參考的說法。
現今馬公廟周圍的開山路及府前路，過去都為河流，廟宇初創時期的方位是座東朝西面海的方向，當時清代護臺知府蔣元樞精通天文地理，發現古境內地靈人傑、人才輩出，觀其地理發現馬公廟位於「雞母穴」，推斷日後必有皇帝命的人出現，為了防範未然，乾隆42年 郡守蔣元樞以修繕為名，大敗馬公廟風水，將廟改變為坐西朝東，並將御賜乾隆聖旨一面高掛於大殿正門，而因後廟需修整而取下聖旨，由於看守鬆散，聖旨被竊賊所偷，至今仍未找回。乾隆44年，蔣元樞捐俸重修之匾額「觀其所感」今仍懸掛於廟內正殿樑下。
馬公廟風水雖被破壞，但境內仍出許多名人，包括前市長辛文炳、蘇南成、前教育部長郭為藩、韓子星等，依舊人才輩出。
馬公廟組織為管理委員會，委員38 位。2009年，馬公廟於輔順將軍聖誕日
農曆9月23日，舉辦「府城馬公廟建廟384年暨己丑年輔順將軍聖誕千秋文化季」，慶典活動以發揚此廟文化為主，內容包括臺灣民謠演唱、耆老講古-馬公爺傳奇、六合境巡禮、擲茭領獎學金等。